Milano. Anna e Marco si incrociano per la prima volta mentre si stanno riparando dalla pioggia. Lei è un’aspirante fumettista, dinamica e dal carattere impulsivo. Lui è un professore di fisica che crede che dietro ogni nostro comportamento ci sia una spiegazione logica. Si rivedono, finiscono a letto insieme. Poi si separano di nuovo. Marco è fidanzato con Pilar, con cui sta per andare a convivere, Anna convive con Tullia. Ma il loro destino è quello di stare insieme. Nel corso degli anni la loro coppia si regge su un equilibrio, ora stabile ora molto precario. Emergono incomprensioni, fughe, scontri, cose non dette. Ma anche momenti di intensa felicità. Intanto il tempo passa e anche loro cambiano.

Il tempo è il vero protagonista di Supereroi. Il film racchiude infatti vent’anni dell’esistenza dei due personaggi e va continuamente avanti e indietro.